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R语言学习 - 热图简化

发布日期:2019-08-21 07:30   来源:未知   阅读:

  相比于ggplot2作heatmap, pheatmap会更为简单一些,一个函数设置不同的参数,可以完成行列聚类、行列注释、Z-score计算、颜色自定义等。那我们来看看效果怎样。

  在heatmap美化篇提到的数据前期处理方式,都可以用于pheatmap的画图。此外Z-score计算在pheatmap中只要一个参数就可以实现。

  给矩阵 (data)中行和列不同的分组注释。假如有两个文件,第一个文件为行注释,其第一列与矩阵中的第一列内容相同 (顺序没有关系),其它列为第一列的不同的标记,如下面示例中(假设行为基因,列为样品)的2,3列对应基因的不同类型 (TF or enzyme)和不同分组。第二个文件为列注释,其第一列与矩阵中第一行内容相同,其它列则为样品的注释。

  heatmap.2的使用就不介绍了,跟pheatmap有些类似,而且也有不少教程。

  为了简化绘图、维持脚本的一致,我用bash对R做了一个封装,然后就可以通过修改命令好参数绘制不同的图了。香港马会开奖免费资料

  # -C: 自定义颜色,注意引号的使用,最外层引号与内层引号不同,引号之间无交叉

  # -T: 指定给定的颜色的类型;如果给的是vector (如下面的例子), 则-T需要指定为vector; 否则结果会很怪异,只有俩颜色。

  # -t: 指定图形的题目,注意引号的使用;参数中包含空格或特殊字符等都要用引号引起来作为一个整体。

  sp_pheatmap.sh的参数还有一些,可以完成前面讲述过的所有热图的绘制,具体如下:

  sp_pheatmap.sh是我写作的绘图工具s-plot的一个功能,s-plot可以绘制的图的类型还有一些,列举如下;在后面的教程中,会一一提起。